Oui, vous devez d'abord reprendre les désordres à vos frais envers le client, puis récupérer les sommes auprès du sous-traitant. L'ordre est important.
Votre responsabilité envers le maître d'ouvrage est engagée pour tout le chantier (article 1797 du Code civil) : vous ne pouvez pas attendre d'être remboursé pour agir. Vous reprenez donc les malfaçons, puis vous exercez votre recours contre le sous-traitant sur la base du contrat de sous-traitance.
Un plaquiste sous-traitant laisse des joints défectueux. L'entreprise principale reprend l'ensemble des joints à ses frais pour livrer dans les temps, puis adresse une facture de reprise au sous-traitant.