Oui, envers le maître d'ouvrage vous restez seul responsable, même si le sous-traitant est introuvable. Vous devez reprendre les désordres, quitte à agir ensuite contre lui.
Votre responsabilité envers le client couvre tout le chantier (article 1797 du Code civil) : la disparition du sous-traitant ne vous en libère pas. Vous reprenez les malfaçons, puis vous tentez un recours sur la base du contrat de sous-traitance, ce qui suppose de conserver ses coordonnées et documents.
Un terrassier sous-traitant laisse un remblai instable puis devient injoignable. L'entreprise principale doit reprendre le remblai pour livrer, tout en gardant les traces contractuelles pour un éventuel recours.